Knud Pontoppidan, som skal komme til å bli Amalies psykiater ved innleggelsen om noen år, blir utnevnt som den første professoren ved Københavns kommunehospitals 6. avdeling, som er sinnssykeavdelingen, og som dosent i psykiatri ved universitetet i København. Dette innleder den mest betydningsfulle perioden i hans liv som lege og forsker.Det skal også komme til å bli viktig periode i fakultetets kliniske undervisning. I løpet av kort tid lykkes det ham å fullføre de reformene som forgjengeren hans, C. G. Gædeken, begynte på. De gikk ut på å forbedre den gammeldags organiserte sinnssykeavdelingen på sykehuset i human ånd og gi den karakter av en moderne sykehusavdeling. Han innsetter kvinnelige sykepleiere overalt, selv på de urolige mannsavdelingene, og innfører en fullstendig avskaffelse av tvangsmidler, innbefattet at pasientene er innelåst på celler.Dette er reformer man ikke har våget å forsøke noe annet sted i verden på dette tidspunktet. Som avdelingsleder er han myndig og skarptseende, men i grunnen mer respektert enn populær.Dette året utgir han boken Den almindelige Diagnostik af Centralnervesystemets Sygdomme, Det er den første danske kliniske lærebok i nevrologi.Som foreleser blir han beskrevet som magisk, det er en estetisk nytelse å høre ham snakke. Han snakker friskt og muntert, men samtidig klart og melodisk. Alt han sier er bundet sammen på logisk vis, og det er ingen som vet som ham å tre elegant inn av en dør. Man får inntrykk av at han overskuer enhver situasjon med et fullkomment blikk.