Unge Frederik er med i kretsen av misfornøyde politikere som denne våren legger planer om å styrte Ove Høegh-Guldbergs kabinettstyre i Danmark, og på denne måten få en slutt på enkedronning Juliane Marie og arveprins Frederiks innflytelse.
Frederik møter for første gang møtte i statsråd denne aprilmåneden. Han lykkes med å sin far få kongens underskrift for å avsette Høegh-Guldberg. Etter dette er det i realitetet han selv som er statens egentlige overhode. Han kommer til å lede regjeringen for sin far, Christian 7., som er psykisk syk, fram til 1808. Da blir han selv konge over tvillingriket Danmark-Norge.
Siden kommer historikere til å betegne denne regjeringen som unge Frederik nå kommer til å lede, som de store reformers regjering i det opplyste eneveldets ånd. Han kommer blant annet til å for at slavehandelen forbys. Han kommer til å bli svært populær, og sørger for å ha dyktige rådgivere rundt seg. En av dem er Andreas Peter Bernstorff, som leder utenrikspolitikken. En annen er Christian D. Reventlow, som er sjef for rentekammeret, og Hinrich Ernst Schimmelmann, som er finansminister.
Frederik kommer også til få så sin del av æren for de store landboreformene som kommer til å bli iverksatt om et par år og fremover til 1799. Disse er det Reventlow og Christian Colbjørnsen som kommer til å føre i pennen.
Når Bernstoff dør i 1897, kommer Frederik selv til å overta ledelsen av utenrikspolitikken.
Det kommer også til å være han som etter bomberdementet av København og flåtens bortførelse i 1807 slutter forbund med Frankrike. Det er dene alliansen som kommer til å føre til statsbankerott, til slutt, i 1814, til tapet av Norge.